Vua Borommarachathirat II của Vương Quốc Ayutthaya đã tấn công và cướp phá Angkor Thom buộc dân Khmer dưới triều đại Ponhea Yat phải di chuyển thủ đô xuống hướng Đông Nam, Angkor Thơm bị bỏ hoang tàn từ khoảng năm 1609 cho tới mãi thế kỷ thứ 19 mới được một tay thám hiển người phương tây tìm ra giữa rừng, ông ta tả Angkor Thom như là một thành phố bỏ hoang không có dân cư kỳ diệu không thua gì hòn đảo Atlantis trong truyện của Plato. Ngày xưa có khoảng trên dưới 100 ngàn người dân sinh sống tại Angkor Thom, một công trình xây cất bằng đá ong (laterite) theo tối kiến trúc của Đền Bayon với bốn cổng to lớn bằng đá trạm trổ tinh vi tuyệt vời, hai bên cột cổng là những hình trạm trổ con trăn naga, một loài trăn hổ mang thánh thần trong Ấn Độ Giáo. Cổng cao 23 mét mang những hình mặt người không ai biết rõ là mặt ai, trông tương tự như những nhân vật thấy trên tường Đền Bayon. Có người cho rằng những hình đó miêu tả vua, Bồ tát Avalokiteshvara,  những người lính canh, những thánh thần  devas và asuras, v… v… Con đường chính vào Angkor thom là qua cửa Nam nên đa số du khách dùng cổng này. Bốn góc tường thành có bốn đền thờ (prasat chung – corner shrine) xây lên bằng sa thạch (sandstone) để dâng lên vị bồ tát Avalokiteshvara tiêu biểu cho lòng từ bi. Những tượng rắn naga biểu tượng cho sự chuyển tiếp từ người sang thánh thần, những con naga cũng còn là những thần rắn canh giữ đền thờ.

Phần lớn những đền to đẹp tại Angkor Thom đều có trên tường những tranh tạc nổi (bas-reliefs) tả những thánh thần nam nữ và những nhân vật hạ giới có những truyện thần thoại hay những thiên hùng sử trong Hồi giáo cổ xưa pha trộn với Phật Giáo pha trôn với những thú vật có thật như voi, rắn, cá, khỉ, v… v… cộng thêm những sinh vật giả tưởng trông như rồng rắn dài thoòng nhưng có đủ chân và móng nhọn… Tại những di tích còn lại của đền Ta Prohm người ta còn thấy tạc trên tường những vòng tròn, bên trong vòng là tượng nổi biểu hiện những loài thú thông thường như lợn, khỉ, trâu, gà trống và rắn. Không thấy có những vòng tròn bên trong có tượng những nhân vật thần thoại.
Trong đống gạch đá tường đổ nát tại Angkor Thom cón lại nguyên dấu hiệu của sự xâm chiếm của thiên nhiên: cây cối lớn mọc rễ khổng lồ bất cứ chỗ nào với những sợi dây leo to bằng cồ tay treo lung lằng từ trên không trung xuống tới đất chứng tỏ những ngôi đền đã bị bỏ hoang phế qua bao thế kỷ, mới được dọn dẹp vào đầu thế kỷ thứ 19 sau khi những nhà thám hiểm khám phá ra những đền đài trong những khu rừng sâu nước độc. Cảnh này cố tình để lại cho thêm phần hoang tán cho cái cảnh đổ nát, tăng thêm vẻ lịch sử của Angkor Thom.